RKI – Coronavirus SARS-CoV-2 – Handlungsanleitung für primärdiagnostizierende Labore zur Auswahl von SARS-CoV-2-positiven Proben für die Sequenzierung im Rahmen der Coronavirus-Surveillanceverordnung (CorSurV)

Hintergrund

Die Verbreitung von SARS-CoV-2 und die aktuelle Dynamik der Pandemie sowie das Auftreten neuer Virusvarianten mit vermutlich gesteigerter Übertragbarkeit, wie z.B. B.1.1.7 (Vereinigtes Königreich) und B.1.351 (Südafrika), verdeutlichen die Notwendigkeit einer zeitnahen Analyse der zirkulierenden Virusstämme. Nur durch umfangreichere Genomsequenzierungen verbunden mit der epidemiologischen Analyse der Daten können neue Virusvarianten detektiert, Veränderungen hinsichtlich ihres Transmissionsverhaltens und der Schwere der durch sie verursachten Erkrankungen und der Krankheitslast gemessen und ggf. zielgerichtete Maßnahmen ergriffen werden.

Um die molekulare Surveillance in Deutschland über die bestehenden Aktivitäten des Robert Koch-Instituts und des Konsiliarlabors für Coronaviren hinaus auszubauen und die Anzahl der verfügbaren Genomsequenzierungen der in Deutschland zirkulierenden SARS-CoV-2 Viren zu erhöhen, sollen entsprechend der Coronavirus-Surveillanceverordnung (CorSurV) bis zu 5% (bzw. 10% bei bundesweit weniger als 70.000 Neuinfektion in einer Woche) der Proben aus der Primärdiagnostik zur Sequenzierung eingesandt und gemäß CorSurV vergütet werden. Im Folgenden werden 1. die Kriterien zur Auswahl der Proben und 2. die Schritte zur Durchführung der Sequenzierung und Übermittlung der Sequenz an das RKI beschrieben sowie die Information des zuständigen Gesundheitsamts über das Ergebnis der Sequenzierung (Befundung) und Übermittlung der IMSID:

  1. Kriterien zur Auswahl der Proben

    1. Sequenzierung zufällig ausgewählter Proben (nach der CorSurV)
    2. Sequenzierung von Proben mit einem epidemiologischen oder labordiagnostischen Verdacht auf das Vorliegen einer neuen Variante von SARS-CoV-2 (Variant of Concern).
  2. Durchführung der Sequenzierung und Übermittlung

    • Durchführung der Sequenzierung durch das primärdiagnostizierende Labor selbst oder Einsendung zur Sequenzierung an kooperierende Laboratorien oder Einrichtungen die eine Genomsequenzierung durchführen
    • Übermittlung der rekonstruierten Sequenzdaten über DESH an das RKI
    • Übermittlung des Befundes und der IMS-ID im Rahmen der §7 IfSG Meldung an das einsendende Gesundheitsamt

1. Kriterien zur Auswahl der Proben

Das Ziel beider sich ergänzender Probenauswahlverfahren ist es, einerseits einen möglichst breiten Überblick über die aktuell in Deutschland zirkulierenden Varianten des Coronavirus SARS-CoV-2 zu gewinnen und durch Vollgenomsequenzierung einer geeigneten Stichprobe ggf. auf neu auftretende Mutationen aufmerksam zu werden. Dazu ist es notwendig, eine Surveillance zu etablieren, deren Datenbasis nicht auf einzelnen, speziell ausgewählten Proben beruht, sondern eine Stichprobe der aktuell zirkulierenden Varianten abbildet. Andererseits soll durch die verstärkte Sequenzierung von Proben, bei denen ein Verdacht auf eine Mutation besteht, Veränderungen des Virus frühzeitig erkannt werden.

A Sequenzierung zufällig ausgewählter Proben

Die Auswahl der nach der CorSurV zur Sequenzierung einzusendenden Proben soll durch das untersuchende Labor zufällig und nach dem folgenden empfohlenen Schema erfolgen. Hierzu sollten:

  1. alle in der jeweiligen Woche untersuchten Proben mit Ct-Wert ≤ 25 in einer Liste aufgeführt und durchgehend nummeriert werden.
  2. Aus dieser Liste werden dann randomisiert Nummern gezogen, bis eine Anzahl von bis zu 5% (bzw. 10%, s.o.) der in diesem Labor in der vergangenen Kalenderwoche untersuchten Proben erfolgt ist.

Hinweis: Sollen zusätzliche Proben, wegen des Verdachts auf das Vorliegen einer Variant of Concern sequenziert werden, so sollte die Anzahl der zufällig ausgewählten Proben entsprechend verringert werden, sofern die Vergütung nach CorSurV erfolgen soll.

B Sequenzierung bei Verdacht auf das Vorliegen einer Variant of Concern (VOC)

Proben mit einem epidemiologischen oder labordiagnostischen Verdacht auf das Vorliegen einer neuen Variante von SARS-CoV-2 (Variant of Concern) können, unabhängig von den zufällig ausgewählten Proben (siehe A), zur Sequenzierung, Analyse und Befundung an die kooperierenden Einrichtungen/sequenzierenden Labore gesendet werden.

Indikatoren auf das Vorliegen einer Variant of Concern (VOC)

Die wichtigsten Indikatoren auf das Vorliegen eines Verdachts auf eine Variant of Concern sind:

  • Laborergebnisse, die auf Vorliegen einer Variant of Concern hindeuten (z.B. PCR-Ausfall im S-Gen, Nachweis der N501Y Mutation im S-Protein mittels spezifischer PCR oder Sanger Sequencing), oder andere auffällige Ergebnisse oder Probleme beim labordiagnostischen Nachweis
  • Hinweise auf eine Exposition gegenüber neuartigen Varianten von SARS-CoV-2, die auf Grund der notwendigen Zusatzinformationen vornehmlich für die Gesundheitsämter relevant sind. Diese können sein:

    • ein erhöhtes Übertragungspotenzial (z.B. Fall war selbst Kontaktperson eines Falles mit VOC)
    • unerwartete Krankheitsschwere oder unerwarteter klinischer Verlauf
    • Impfdurchbrüche (Erkrankungsfälle bei Geimpften)
    • ungewöhnliches Ausbruchsgeschehen (z.B.super-spreading“ Ereignis, hohe sekundäre Erkrankungsrate bei Kindern)
    • vermutete zoonotische Infektion
  • Verdacht auf Reinfektion
  • Aufklärung eines komplexen Infektionsgeschehens (z.B. mehrere mögliche Expositionen)
  • Reiseanamnese (Aufenthalt in Ländern, in denen das Auftreten neuer Varianten bekannt geworden ist)

2. Durchführung der Sequenzierung und Übermittlung

Nach Auswahl von SARS-CoV-2-positiven Proben können diese, sofern möglich, vom primärdiagnostizierenden Labor selbst sequenziert werden oder für die Sequenzierung an eine kooperierende Einrichtung/ein sequenzierendes Labor gesendet werden.

Im Folgenden werden die notwendigen Schritte zur Übermittlung der Probe und des nachstehenden Befundes sowie der IMSID beschrieben (siehe auch Abbildung 1). Für primärdiagnostizierende Labore, die die Sequenzierung selbst durchführen, entfallen die Schritte 1,2 und 4.

Abbildung 1: Ablauf der Einsendung und Informationsübermittlung im Rahmen der Sequenzierung von ausgewählten Proben gemäß CorSurV. Quelle: RKIAbbildung 1: Ablauf der Einsendung und Informationsübermittlung im Rahmen der Sequenzierung von ausgewählten Proben gemäß CorSurV.

Nach der Auswahl von SARS-CoV-2-positiven Proben für die Sequenzierung müssen folgende Schritte erfolgen:

  1. Die Kontaktaufnahme mit dem sequenzierenden Labor/der kooperierenden Einrichtung zur Vorbereitung des Probenversands.
  2. Das primärdiagnostizierende Labor sendet das Probenmaterial und die notwendigen Informationen für eine Meldung gemäß §7 IfSG an die kooperierende Einrichtung.
  3. Die Probe wird sequenziert und analysiert sowie ein Befund erstellt.
  4. Das sequenzierende Labor/die kooperierende Einrichtung übermittelt dem primärdiagnostizierenden Labor den Befund der Genomtypisierung (Variante/Linie).
  5. Die erzeugte Sequenz wird vom sequenzierenden Labor/von der kooperierenden Einrichtung auf die DESH -Plattform hochgeladen. Dafür erhält es/sie eine IMSID von der DESH-Plattform.
  6. Das sequenzierende Labor/die kooperierende Einrichtung meldet die IMSID dem zuständigen Gesundheitsamt im Rahmen der gesetzlichen Labormeldung gemäß §7 IfSG. Die Meldung der IMSID kann über DEMIS erfolgen. Hinweise zur Implementierung finden Sie unter folgendem Link: https://confluence-demis.gematik.de/display/DSKB
  7. Analyse und Bewertung im Rahmen der integrierten molekularen Surveillance am RKI.

Stand: 10.06.2021